超聲波清洗機能夠對各種工件進行快速出色的清洗，很多人工沒有辦法清洗干凈的縫隙、孔洞，大多能多槽式超聲波清洗機中得到有效清潔想讓多槽式超聲波清洗機達到更好的清洗效果，那么就要注意外接的純凈水能否達到要求的純度，因為超聲波清洗機在作業時，對電導率和電阻都有一定的要求，而水質的純度不同，其電導率和電阻也都會不一樣，所以為了提高清洗的潔凈度要注意清洗機中使用的純水品質良好。
多槽式超聲波清洗機清洗工件就是通過超聲波發出的頻率讓清洗液產生空化效應，從而加速溶解和剝離被清洗工件上灰塵、油脂等污垢，所以選擇合適的超聲波頻率也能提高清洗的效果。例如，使用水或水清洗劑時由空化作用引起的物理清洗力需要使用低頻超聲波；對小間隙、狹縫、深孔的零件清洗高頻超聲波效果更好。
一般清洗液液面高于振動子表面一米以上為佳，由于多槽式超聲波清洗機受駐波場的影響，波節處振幅很小，波幅處振幅大，所以為了避免造成清洗不均勻，應該注意使用合適的清洗液劑量，并將清洗物品位置應放在波幅處，這樣清洗效果就會更好。